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和宇宙生物侵略者（インベーダー）之戰中，隨著蓋塔機器人的活躍而終結。從那以后的3年…被打倒的侵略者再度出現在地球。而作為蓋塔機器人的開發者、遭流龍馬（實際上是神隼人）所殺害的早乙女博士也跟著復活了。他率領著蓋塔飛龍軍團，要來對抗全人類。為了應戰，已解散的蓋塔小隊隊員被重組起，而因為殺害早乙女之罪而坐牢的龍馬也跟著他們一起向早乙女所在之處邁進。