《笨蛋測試召喚獸》的故事發生在以學習能力高低為等級嚴格劃分教學設備的文月學園。故事的主人公吉井明久因為學習成績亮紅燈被劃分在教學設施令人嘆為觀止的F班,為了改變現狀,吉井明久動員F班級的代表坂本雄二通過召喚獸戰爭奪取A班級的教學設施。于是,為了爭取到優異的學習環境,吉井明久等人開始了對A班級的召喚獸之戰。