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銀河機攻隊20世紀產業革命的大躍進之後，受到地球資源日益枯竭影響的人類，開始向宇宙尋求新的生存空間。為了適應宇宙環境，人類開始了對人體的改造。結果誕生出來的，便是主人公伊茲魯等擁有“S級遺傳基因”的人。脫離培養液後，伊茲魯一行人被安放在選定的養父母身邊，在經過一定時間的撫養之後，通過選拔考試進行篩選，建成了S級遺傳基因兒童培養機關——學園都市格蘭茲艾雷(‘グランツェーレ都市學院)。為了讓“S級遺傳基因兒”成為真正的“S(ACE)” ……伊茲魯和同伴們的校園生活開始了！