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某日夜里，海面上飄來許多被譽為“寄生蟲”的微小生物，它們以寄生于人類腦部為目標，指使人類互相殘殺。在寄生蟲開展大規模寄生活動的過程中，有位平凡的少年·泉新一（染谷飾）也成為了寄生蟲的目標，但是由于某種意外，寄生在他體內的寄生蟲MIGI并沒有與他的腦合體，而是與他的右手合體。新一與MIGI日久生情，為了讓“宿主”新一生存下來，MIGI漸漸放棄了對人類的敵意，由此導致兩人受到其他寄生蟲的襲擊。另一方面，考慮著如何與寄生蟲和平共處的神秘女子·田宮良子（深津飾）出現在新一和新一的兒時玩伴·里美（橋本飾）身邊，以教師的身份開始活動…