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由於演員吉蓮·安德森懷孕，製作人將劇情發展成斯卡琳被外星人綁架，消失了一集。當然，那時候吉蓮·安德森去醫院生產了。最終史考莉被秘密組織送回到一家醫院，自此以後，X檔案進入一新階段。這季主要仍圍著不可解釋的超自然現象及外星人打轉，結束於穆德因過分接近真相而遭迫害